ΜΟΡΙΑΚΟ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟ

Ο ΜΟΡΙΑΚΟΣ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ  είναι η τελευταια λεξη της τεχνολογιας.
Πολλά σύνδρομα και νοσήματα οφείλονται σ εμικροελλείψεις και μικροδιπλασιασμούς πολύ μικρότερους των 3 Mb.  Με τον συμβατικό προγεννητικό ελεγχο ο κίνδυνοσ να μην ανιχνευτει μια χρωμοσωματική ανωμαλία , υης οποιας ομως η παθολογία ειναι γνωστή ειναι περίπιυ 1/ 300 με  1/ 600 περιπτώσεις. Στις περιπτώσεις αυτές εχει εφαρμογή ο Προγεννητικός Μοριακός Καρυότυπος. Η αναλυτική και ανιχνευτική ικανότητα του μοριακού καρυότυπου φτάνει < 1 Mb δηλαδή 100 με 1000 φορές υψηλότερη ανάλυση απο αυτη του κλασικού καρυότυπου. 
Ειναι η μοναδικη εξαταση που υπαρχει και που ανιχνευει τοσο μεγαλο μεγεθος συνδρομων/νοσηματων (συνολικά 512).ΠΛΑΤΦΟΡΜΑ  COMPLETE CYTOVIEW

Ο μοριακός καρυότυπος (arrayCGH-aCGH) έχει επιφέρει επαναστατικές αλλαγές στην κλινική κυτταρογενετική και σήμερα αποτελεί την αδιαμφισβήτητη μέθοδο αναφοράς για τη διάγνωση πολλών γενωμικών νοσημάτων, όχι μόνο στον μεταγεννητικό έλεγχο, αλλά πλέον και στον προγεννητικό έλεγχο. Η ανάπτυξη νέων αντιδραστηρίων και μεθοδολογιών aCGH, προσαρμοσμένων ειδικά για τον προγεννητικό έλεγχο, οδηγούν στη πιο στοχευμένη ανίχνευση χρωμοσωματικών ανισοζυγιών, σε σχέση με το μεταγεννητικό έλεγχο, αποφεύγοντας έτσι τις ασάφειες και τις ‘γκρίζες ζώνες’. Η εφαρμογή της νέας αυτής εξέτασης έχει ακόμα μεγαλύτερη αξία σε επιλεγμένα περιστατικά υψηλού κινδύνου, όπου για παράδειγμα υπάρχουν υπερηχογραφικά ευρήματα ή ιστορικό γενετικού συνδρόμου.
Ο προγεννητικός μοριακός καρυότυπος είναι σε θέση να ανιχνεύσει όλες τις παθολογικές χρωμοσωματικές ανωμαλίες που μέχρι σήμερα μπορούσαμε να διαγνώσουμε με το ‘κλασσικό’ προγεννητικό καρυότυπο (αμνιακού υγρού ή CVS), όπως τρισωμία 13, 18, 21 κ.α., ενώ ΕΠΙΠΛΕΟΝ επιτρέπει τη διερεύνηση χρωμοσωματικών ανισοζυγιών (ελλείψεων ή/και διπλασιασμών) σε αναλυτικό επίπεδο μεγέθους 1 Mb γενικά (περίπου 5-10 φορές μεγαλύτερη ανάλυση σε σχέση με το κλασσικό καρυότυπο). Ταυτόχρονα, ο ειδικός σχεδιασμός επιτρέπει τη παράλληλη στοχευμένη διερεύνηση για ελλείψεις ή διπλασιασμούς γενετικού υλικού που σχετίζονται με περίπου 120 σύνδρομα-νοσήματα, δες πινακα κάτω  , σε αναλυτικό επίπεδο ~200 Κb (π.χ. γνωστά μικροελλειπτικά σύνδρομα, υποτελομεριδιακές ανισοζυγίες όλων των χρωμοσωμάτων, διάφορα άλλα γενετικά σύνδρομα,
ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΟΙ ΤΟΥ ΜΟΡΙΑΚΟΥ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΥ
Δεν δυναται να ανιχνευσει ισοζυγισμενες χρομοσωματικες ανακαταταξεις οπως μεταθέσεις αναστροφές πληροφορία σημαντική τοσο για την υγεια του εμβρύου οσο και για τον οικογενειακό προγραμματισμό της οικογένειας.Δεν δύναται να ανιχνευσει τριπλοειδίες ιδίως 69 ΧΧΧ και χαμηλό ποσοστό μωσαικισμου κάτω του 10 % .Επίσης δεν ανιχνεύει σημειακές μεταλλαξεις που σχετίζονται με ορισμένα γενετικα  νοσήματα ,
ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΑ ΜΕ ΤΟΝ ΜΟΡΙΑΚΟ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟ
H  αντικατάσταση του συμβατικού καρυοτυπου με με το μοριακό καρυοτυπο κατά την προγεννητική διάγνωση αποτελεί ακόμη θέμα συζήτησης στην επιστημονική κοινότητα ενώ είναι ευρέως αποδεκτή για την διερεύνηση μεταγεννητικά .Η μεγαλύτερη δυσκολία που υπάρχει αυτή την στιγμή , πέραν του κόστους, αφορά την ερμηνεία των αποτελεσμάτων .Υπάρχουν DNA αλληλουχίες διάσπαρτες στο ανθρώπινο γονιδιωμα, όπου ο αριθμός των επαναλήψεων τους διαφέρει από άτομο σε άτομο , χωρίς κλινικές επιπτώσεις στον φαινότυπο (CNVs ,copy number variation ). Eχουν αναφερθεί μεγάλες ελλείψεις η διπλασιασμού ακόμη και της τάξης των 10 Mb , χωρίς κλινικές επιπτώσεις. Επίσης είναι δυνατόν η ίδια χρωμοσωματικη ανωμαλία να μην προκαλεί κανένα πρόβλημα στον γονέα , αλλά να δημιουργήσει σοβαρά προβλήματα στο έμβρυο .Συνεπώς πριν αρχίσει η εφαρμογή του μοριακού παράτυπου στην προγεννητική διάγνωση σε επίπεδο ρουτίνας , θα πρέπει να υπάρχει η δυνατότητα να ορμηνευθούν τα αποτελέσματα και να συσχετιστούν με τον φαινότυπο.
Ο συμβατικός  καρυοτυπος αναμένεται να αντικατασταθεί σε αρκετές περιπτώσεις από τον μοριακό, όταν ξεπεραστούν οι δυσκολίες ερμηνείας των αποτελεσμάτων και μειωθεί το κόστος του. Μέχρι τότε όμως , στην καθημερινή πράξη , ο συμβατικός προγεννητικός παράτυπος σε συνδυασμό με τις τεχνικές της μοριακής κυταρογενετικης  Fish, qf-Pcr, MLPA   θα συνεχίσει να αποτελεί το πλέον απαραίτητο εργαλείο για την διάγνωση των

Μοριακός καρυότυπος (aCGH)

Ο Μοριακός Καρυότυπος είναι μια καινούργια μέθοδος η οποία εφαρμόζεται όλο και περισσότερο στην προγεννητική διάγνωση χρωμοσωμικών ανωμαλιών, καθ’ ότι παρέχει τη δυνατότητα ανάλυσης των χρωμοσωμάτων σε πολύ υψηλότερο επίπεδο σε σχέση με το συμβατικό καρυότυπο και ανιχνεύει μεταλλάξεις πολύ μικρότερες από αυτές που είναι ορατές στο μικροσκόπιο. Με το μοριακό καρυότυπο δίνεται η δυνατότητα ανίχνευσης ανωμαλιών που αφορούν ολόκληρα τα χρωμοσώματα (π.χ. τρισωμία 21, κ.α.) καθώς και μικρών ελλειμμάτων και διπλασιασμών που μπορεί να συνδέονται με σοβαρές κλινικές εκδηλώσεις και με γνωστά σύνδρομα όπως σύνδρομο DiGeorge, Prader Willi, Angelman και πολλά άλλα, όπου δεν δύναται να ανιχνευτούν με το συμβατικό καρυότυπο. Σύμφωνα με τη διεθνή βιβλιογραφία ο μοριακός καρυότυπος προτείνεται να διενεργείται σαν πρώτης γραμμής κλινικός διαγνωστικός έλεγχος σε άτομα που παρουσιάζουν αναπτυξιακές διαταραχές. Η εφαρμογή του έχει οδηγήσει σε ένα πρόσθετο ποσοστό ~15% ανίχνευσης ευρημάτων σε ασθενείς με συγγενείς ανωμαλίες, αναπτυξιακή καθυστέρηση και διαταραχές του αυτιστικού φάσματος σε σχέση με το αντίστοιχο ποσοστό 3% του συμβατικού καρυοτύπου.

Στην πρόσφατη βιβλιογραφία αναφέρεται ότι η εφαρμογή του μοριακού καρυότυπου στον προγεννητικό έλεγχο μπορεί να οδηγήσει στην επιπλέον ανίχνευση κλινικά σημαντικών ευρημάτων σε ένα ποσοστό έως 6% σε εγκυμοσύνες υψηλού αλλά και χαμηλού κινδύνου σε σχέση με το συμβατικό καρυότυπο. Ο μοριακός καρυότυπος δεν ανιχνεύει ισοζυγισμένες μετατοπίσεις, μονογονιδιακά νοσήματα, καθώς και μωσαϊκισμούς χαμηλού ποσοστού που είναι όμως αμφιβόλου κλινικής σημασίας. Επίσης, με την εφαρμογή του σε σπάνιες περιπτώσεις μπορεί να προκύψουν ευρήματα που λόγω της σπανιότητας τους δεν έχουν χαρακτηριστεί ως προς την κλινική τους σημασία.

Για τον μοριακό καρυότυπο χρησιμοποιούνται δύο πλατφόρμες. Μία χαμηλής ανάλυσης σε όλο το γονιδίωμα (μέσος όρος ανάλυσης 1Mb) και υψηλής σε 120 σύνδρομα (μέσος όρος ανάλυσης 200Kb) και η άλλη η νέα πλατφόρμα ονομάζεται COMPLETE CYTOVIEW και περιλαμβάνει τον έλεγχο μοριακού καρυοτύπου με 2 φορές υψηλότερη ανάλυση σε ολόκληρο το γονιδίωμα και 4 φορές υψηλότερη σε περιοχές που σχετίζονται με 512 γενετικά νοσήματα. Κατά τον τρόπο αυτό ελέγχονται όλες οι  αριθμητικές ανωμαλίες (όπως τρισωμίες 21, 18, 13), όλα τα γνωστά μικροελλειπτικά σύνδρομα (όπως DiGeorge, Prader Willi, Angelman κλπ), ανισοζυγίες που αφορούν γονίδια και περιοχές που σχετίζονται με 512 γενετικά νοσήματα καθώς και οποιεσδήποτε μη ισοζυγισμένες δομικές ανωμαλίες των χρωμοσωμάτων στο επίπεδο της ανάλυσης της μεθόδου.

  
Πότε πρέπει να συστήνεται ο Μοριακός Καρυότυπος  ;

O ΜΟΡΙΑΚΟΣ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΓΙΝΕΤΑΙ ΣΕ ΟΛΑ ΤΑ ΠΕΡΙΣΤΑΤΙΚΑ ΕΝΔΕΙΞΗΣ ΑΜΝΙΟΠΑΡΑΚΕΝΤΗΣΗΣ ΜΙΑΣ ΚΑΙ ΜΑΣ ΔΙΝΕΙ ΠΛΗΡΟΦΟΡΕΙΕΣ ΑΠΟ 120 -511  ΧΡΟΜΟΣΩΜΙΚΑ ΣΥΝΔΡΟΜΑ . ΑΥΤΟ ΣΗΜΑΙΝΕΙ ΟΤΙ Ο ΑΠΛΟΣ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ(ΜΕ ΤΙΣ ΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΕΣ  ΚΑΙ ΤΟ MLPA (ΤΟ ΟΠΟΙΟ ΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΕΤΑΙ ΣΤΗΝ ΠΛΑΤΦΟΡΜΑ )  ΠΛΕΟΝ ΔΕΝ ΕΧΟΥΝ ΘΕΣΗ ΣΤΗΝ ΔΙΑΓΝΩΣΤΙΚΗ ΜΑΣ ΦΑΡΕΤΡΑ .

ΟΜΩΣ ΑΥΤΟ ΤΟ ΠΑΚΕΤΟ ΔΕΝ ΑΝΙΧΝΕΥΕΙ ΚΑΘΟΛΟΥ ΤΑ ΜΟΝΟΓΩΝΙΔΙΑΚΑ ΓΕΝΕΤΙΚΑ ΣΥΝΔΡΟΜΑ  ΑΥΤΗ ΕΙΝΑΙ ΜΙΑ ΜΕΓΑΛΗ ΚΑΤΗΓΟΡΙΑ ΣΥΝΔΡΟΜΩΝ ΚΑΙ ΝΟΣΗΜΑΤΩΝ ΟΠΟΥ ΚΑΤΑ ΚΑΙΡΟΥΣ ΜΑΣ ΑΠΑΣΧΩΛΕΙ . ΕΑΝ ΥΠΟΨΙΑΖΟΜΑΣΤΑΙ ΚΑΠΟΙΟ ΜΟΝΟΓΩΝΙΔΙΑΚΟ ΣΥΝΔΡΟΜΟ ΘΑ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΤΟ ΖΗΤΗΣΟΥΜΕ ΚΑΙ ΝΑ ΨΑΞΟΥΜΕ ΣΤΟΧΕΥΜΕΝΑ  . ΑΥΤΑ ΤΑ ΣΥΝΔΡΟΜΑ ΑΝΙΧΝΕΥΟΝΤΑΙ ΜΕ  ΤΟ  NEXT GENERATION SEQUENCING

Next Generation Sequencing

Η τεχνολογία αλληλούχισης νέας γενιάς (NGS) αποσκοπεί στην ανάλυση περιοχών ενός γονιδίου ή γονιδίων για ανίχνευση σημειακών μεταλλάξεων που έχουν επιλεχθεί για ένα συγκεκριμένο φαινότυπο.

ΠΟΤΕ ΣΥΣΤΕΙΝΕΤΑΙ Ο ΕΛΕΓΧΟΣ ΜΟΝΟΓΩΝΙΔΙΑΚΩΝ ΝΟΣΗΜΑΤΩΝ ?

1 ΕΑΝ ΥΠΑΡΧΕΙ ΙΣΤΟΡΙΚΟ ΜΟΝΟΓΟΝΙΔΙΑΚΟΥ ΝΟΣΗΜΑΤΟΣ ΣΕ ΠΡΟΗΓΟΥΜΕΝΗ ΚΥΗΣΗ

2 ΕΑΝ ΕΧΟΥΜΕ ΕΥΡΗΜΑΤΑ ΥΠΕΡΗΧΟΓΡΑΦΙΚΑ ΣΤΟ  Β ΕΠΙΠΕΔΟΥ (ΑΠΟ ΚΝΣ, ΚΑΡΔΙΑ, ΝΕΦΡΟΙ, ΓΕΝΝΗΤΙΚΑ ΟΡΓΑΝΑ ΑΜΦΙΒΩΛΑ, ΔΥΣΜΟΡΦΙΑ ΣΤΟ ΠΡΟΣΩΠΟ/ΑΥΤΙΑ, ΑΥΧΕΝΙΚΟ ΟΙΔΗΜΑ ΠΟΥ ΕΜΜΕΝΕΙ ,ΙΣΧΥΡΗ ΥΠΟΨΙΑ ΓΕΝΝΕΤΙΚΟΥ ΣΥΝΔΡΟΜΟΥ ) ΚΑΙ Ο ΜΟΡΙΑΚΟΣ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ ΕΙΝΑΙ ΑΡΝΗΤΙΚΟΣ .

ΣΤΗΝ ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΑΓΟΡΑ ΚΥΚΛΟΦΩΡΟΥΝ ΤΟΥΛΑΧΙΣΤΟΝ 2 ΠΑΚΕΤΑ ΓΕΝΩΜΙΚΟΥ ΕΛΕΓΧΟΥ

1 ΤΟ FETALIS ΑΠΟ ΤΟΝ ΠΑΓΚΑΛΟ INTERGENETICS EINAI ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΠΑΤΕΝΤΑ TO ΟΠΟΙΟ ΕΛΕΓΧΕΙ 760 ΓΟΝΙΔΙΑ ΚΑΙ ΑΠΟ ΔΙΚΗ ΤΟΥΣ ΜΕΛΕΤΗ ΦΕΝΕΤΑΙ ΠΟΛΥ ΚΑΛΑ ΙΣΟΡΟΠΗΜΕΝΟ ΟΣΟΝ ΑΦΩΡΑ ΤΗΝ ΠΛΗΘΩΡΑ ΤΩΝ ΝΟΣΗΜΑΤΩΝ ΠΟΥ ΕΛΕΓΧΕΙ ΜΕ ΕΝΑ ΣΧΕΤΙΚΑ ΜΙΚΡΟ ΠΑΚΕΤΟ

2 ΤΟ PRENATAL SCREENING ΤΟ ΟΠΟΙΟ ΕΛΕΓΧΕΙ 1024 ΓΟΝΙΔΙΑ ΚΑΙ ΕΧΕΙ ΕΞΕΛΙΓΧΘΕΙ ΑΠΟ ΤΗΝ ACCESS TO GENOME

ΠΑΡΑΔΕΙΓΜΑΤΑ  ΜΟΝΟΓΟΝΙΔΙΑΚΩΝ ΣΥΝΔΡΟΜΩΝ

Test TAT Genes

Craniosynostosis (NGS panel for 4 genes)  60 FGFR1, FGFR2, FGFR3, TWIST1

Craniosynostosis (NGS panel for 30 genes)  60 ALPL, ALX4, BMP4, EFNB1, ERF, ESCO2, FGFR1, FGFR2, FGFR3,FREM1, GLI3,IFT122,IFT140,IL11RA,IMPAD1,IRX5,MASP1,MEGF8, POR, RAB23, RECQL4, SCARF2, SKI, TCF12, TGFBR1, TGFBR2, TMCO1, TWIST, WDR19, WDR35

Noonan syndrome (NGS panel for 5 genes) 60 PTPN11, SOS1, KRAS, NRAS, RAF1

Noonan syndrome and rasopathies (NGS

panel for 13 genes) 60 BRAF, CBL, HRAS, MAP2K1, KRAS, MAP2K2, NF1, NRAS, RAF1, PTPN11, SHOC2, SOS1, SPRED1

Skeletal dysplasia (NGS panel for 31 genes)  60 ALPL, ARSE, COL10A1, COL11A1, COL11A2, COL1A1, COL1A2, COL2A1, CRTAP, DDR2, EBP, FGFR3, FLNB, HSPG2, INPPL1, LBR, LEPRE1, LIFR, MMP13, MMP9, NKX3-2, NSDHL, PEX7, PTH1R, RMRP, SBDS, SLC26A2, SLC35D1, SOX9, TRIP11, TRPV4

ADRENAL HYPERPLASIA (CONGENITAL) * CYP17A1 * CYP21A2 * CYP11B1 * HSD3B2 * POR * STAR 

ARTHROGRYPOSIS * MYBPC1 * MYH8 * MYH3 * TNNI2 * TNNT3 * TPM2 * 

BRACHYDACTYLY * CHSY1 * GNAS * HOXA13 * MGP * SOX9

 

ΛΙΣΤΑ ΣΥΝΔΡΟΜΩΝ ΠΟΥ ΑΝΙΧΝΕΥΕΙ Ο ΜΟΡΙΑΚΟΣ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ (pdf)